Skład mikroflory jelitowej zdrowych ludzi jest bardzo wrażliwy i równowaga pozytywnych mikroorganizmów może zostać łatwo zaburzona pod wpływem takich czynników jak: niewłaściwa dieta, stres, stany chorobowe jelit, niektóre leki, zwłaszcza antybiotyki. Po zaprzestaniu działania czynnika wpływającego destrukcyjnie na mikroflorę jelitową potrzeba zwykle kilku tygodni aby odtworzył się jej właściwy skład i funkcjonowanie. Bakterie jogurtowe oddziałują korzystnie na równowagę ludzkiej mikroflory jelitowej. Nie osiedlają się jednak w jelitach, w związku z tym zalecane jest regularne ich dostarczanie z pokarmem. Bakterie jogurtowe wpływają ponadto na poprawę procesów trawienia – regularne spożycie bakterii jogurtowych może poprawić przyswajalność laktozy - często nie tolerowanego w produktach nabiałowych, cukru mlecznego.