Danone posiada dwie fabryki: w Warszawie i w Bieruniu. Obydwie mogą się poszczycić najwyższymi standardami jakości i bezpieczeństwa żywności.

Karta jakości Danone – „Charte Danone” – obowiązująca we wszystkich fabrykach koncernu na świecie, zapewnia najwyższą jakość całej linii produkcyjnej od chwili skupu mleka od rolników, aż po transport gotowych produktów do sklepów. Specjaliści z firmy Danone często pracują w terenie, udzielając porad i pomocy polskim hodowcom. W trosce o zapewnienie najwyższej jakości wszystkich wyrobów firmy Danone i całkowite bezpieczeństwo konsumentów w 1998 r. został wdrożony specjalny system identyfikacji zagrożeń, czyli HACCP. System HACCP jest standardem międzynarodowym, który wyznacza surowe normy dla zakładów produkcyjnych. Z tego względu jego wdrożenie jest szczególnie istotne przy wytwarzaniu produktów pochodzenia mlecznego zawierających żywe i aktywne kultury bakterii.

HACCP wykrywa zagrożenia w trzech obszarach: skażeń mikrobiologicznych (bakterie chorobotwórcze, pleśnie), chemicznych (substancje hamujące takie jak antybiotyki, środki myjące i dezynfekcyjne, smary, pestycydy itp.) i fizycznych (ciała obce). Na każdym etapie produkcji specjalnie utworzony zespół złożony z pracowników firmy Danone szczegółowo analizuje potencjalne zagrożenia, określa przyczyny ich występowania i opracowuje działania przeciwdziałające wystąpieniu tych zagrożeń. Dzięki HACCP produkt jest kontrolowany na każdym etapie produkcji, a konsumenci uzyskują gwarancję jakości produktu końcowego. Firma Danone ma dokładne informacje na temat krów, od których pochodzi mleko (łącznie z lekami i paszą im podawaną). Hodowle są na bieżąco kontrolowane, firma Danone zatrudniła pięciu wysokiej klasy zootechników, których praca polega na bieżącym wizytowaniu, doradztwie i kontroli gospodarstw. Regularne audyty przeprowadzane na różnych etapach produkcji, łącznie z kontrolą jakości powietrza w halach produkcyjnych oraz inwestowanie w badania naukowe, przynoszą oczywiste rezultaty. Produkty Danone od lat zachowują tą samą najwyższą jakość.

Ponadto w 2000 roku firma Danone wraz z Polskim Towarzystwem Oświaty Zdrowotnej zapoczątkowała program „Lubię zimno”, który ma na celu propagowanie zachowania właściwego łańcucha chłodniczego warunkującego świeżość i wysoką jakość produktów mlecznych - od produkcji do spożycia przez konsumenta.

Fabryki Danone’a posiadają certyfikaty ISO 9001, ISO 14001, PN-N 18001, a także regularnie przechodzą audyt AIB - renomowanej firmy będącej gwarancją najwyższej jakości wśród producentów żywności na całym świecie.